时空转录组FFPE

解锁组织样本中的隐藏基因密码


时空转录组FFPE是指在使用福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE,Formalin-Fixed Paraffin-Embedded)组织样本的基础上,进行时空转录组学分析的方法。

FFPE能够长期保存组织样本的结构和分子信息。,时空转录组FFPE产品方案利用带有空间坐标信息的“随机探针”对FFPE样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获,并通过空间条形码(Coordinate ID,CID)还原回空间位置,实现单细胞分辨率全转录组空间表达图谱的构建。用于揭示不同组织区域或时间点的基因表达模式,帮助科研人员、医生或药物研发人员深入了解生物组织在空间和时间上的转录调控。

科学可视化图像
产品目标手风琴
  • 精准的时空表达图谱:通过对FFPE组织样本的时空转录组分析,构建详细的基因表达图谱,揭示不同组织区域、不同发育阶段或不同病理状态下的转录组差异。
  • 疾病研究与临床应用:帮助研究人员在肿瘤、免疫疾病等领域了解病变组织的空间异质性,为靶向治疗、个性化诊疗提供重要数据支持。
  • 药物研发:为药物研发公司提供关于疾病微环境、药物靶点等的转录组数据,助力新药开发过程中的分子机制解析。
  • FFPE组织样本处理:收集FFPE组织样本,并进行高质量的RNA提取。FFPE样本由于长期固定,RNA的质量可能会有所降低,因此需要使用优化的RNA提取和修复技术。
  • 时空转录组技术:结合空间转录组学和时间转录组学,通过空间定位信息的保留,结合RNA测序等高通量技术,得到不同位置和时间点的转录组数据。
  • 数据分析与解读:使用生物信息学工具进行数据清洗、差异表达分析、功能富集分析、基因-细胞类型关联分析等,得到高质量的生物学解释和疾病生物标志物。
  • H&E或细胞核染色:根据研究需求,可选择在同一张组织切片上进行H&E染色或细胞核染色,实现多模态数据获取及融合分析。
  • 编码及非编码RNA共捕获:基于随机探针的技术原理,可同时实现 mRNA 和 non-coding RNA的原位捕获。
  • 无物种限制:不仅可以应用于人和小鼠,也可对其他物种样本进行时空组学信息挖掘。
  • 宿主和微生物共检测:可同时捕获微生物及其宿主的空间表达信息,进而探究宿主与微生物的互作关系。
  • 肿瘤研究:帮助分析不同肿瘤区域及转移灶的基因表达差异,为肿瘤分子分型、治疗靶点发现等提供数据支持。
  • 免疫学研究:揭示免疫细胞在组织中的空间分布和动态变化,特别是肿瘤微环境中的免疫反应,有助于免疫疗法的研究与应用。
  • 发育生物学:研究器官或组织在发育过程中的基因表达动态,帮助理解疾病发生的分子机制。
  • 临床病理诊断:通过FFPE样本的时空转录组分析,提供更精细的疾病分型和诊断依据,提升临床精准诊疗水平。